сняться с воинского учёта при выезде из РФ на срок свыше шести месяцев.

В соответствии с подпунктом д пункта 1 статьи 50 «Положения о воинском учете» Граждане, подлежащие воинскому учету, обязаны: сняться с воинского учета при переезде на новое место жительства или место пребывания (на срок более 3 месяцев), а также при выезде из Российской Федерации на срок более 6 месяцев и встать на воинский учет в 2-недельный срок по прибытии на новое место жительства, место пребывания или возвращении в Российскую Федерацию.

Вот интересует, если у меня на данный момент есть действующий загран паспорт, но отсрочка уже закончилась, я могу сняться с воинского учёта выезжая за границу на срок более 6ти месяцев? и какие документы я должен буду предъявить?

Да, можете. Для снятия с воинского учета при выезде за границу вам необходимо написать заявление на имя военного комиссара с указанием причины снятия с воинского учета и предполагаемого места жительства куда вы выезжаете.

и ещё такой вопрос, у меня заканчивается загран паспорт через пол года и мне его надо будет продлить, после снятия с учёта, я смогу получить новый загран паспорт?

Нет,для этого будет необходимо стать на воинский учет.