Насчет регистрации

Здравствуйте, есть проблема. Есть свидетельство о регистрации по месту пребывания, то есть временная прописка, (по паспорту старая прописка) военкомат по месту временной прописки посылает запрос на мое дело в военкомат постоянной прописки, но они его не отсылают.

Сейчас пребываю по месту постоянной прописки и хочу выписаться отсюда в место временной прописки, могут ли меня в паспортном столе выписать из квартиры на основание свидетельства временного прибывания?

Че то замудрил я

Да. В паспортном столе вас "снимут" с регистрации.

А нарушает ли ВК, то что не отсылает личное дело в ВК по месту временной прописки?

Если Вы состоите на учете в другом ВК, и "старый" не отсылает в новый Ваше личное дело по его запросу, то это нарушение.