Не вставал на учет

вот уже 2 года я нигде не состою на учебе, сейчас хочу поступить в аспирантуру, но там требуют приписное и наверняка направят на постановку на учет.

грозит ли мне уголовное преследование при явке в комиссариат на постановку на учет за 2 пропущенных года, и дадут ли отсрочку в связи с поступлением в аспирантуру?

Не грозит (грозит штраф). Дадут. А не грозит потому, что ТЕПЕРЬ возбуждать дело уже поздно, ты получил право на отсрочку.