Когда-то сталкивался с такой же ситуацией.... Слава богу, я уже давно не ИП... По выплатам за сборы: по ним ИП приравнивается к безработному (т.е. по сути - к бомжу), выплачивается в размере прожиточного минимума.....
А для военкомата ваши проблемы - это ваши проблему, кроме вас ни кому они более не интересны...